当社の由緒は古く、景行天皇が、国を平和になさろうと、皇子日本武尊を東国に遣わされた折、尊は甲斐国（山梨）から上野国（群馬）を経て、碓氷峠に向われる途中当山に登られました。
尊は当地の山川が清く美しい様子をご覧になり、その昔伊弉諾尊（いざなぎのみこと）・伊弉册尊（いざなみのみこと）が我が国をお生みになられたことをおしのびになって、当山にお宮を造営し二神をお祀りになり、この国が永遠に平和であることを祈られました。これが当社の創まりであります。

その後、天皇は日本武尊が巡ぐられた東国を巡幸された時、上総国（千葉）で、当山が三山高く美しく連らなることをお聴き遊ばされて「三峯山」と名付けられ、お社には「三峯宮」の称号をたまわりました。

降って聖武天皇の時、国中に悪病が流行しました。天皇は諸国の神社に病気の平癒を祈られ、三峯宮には勅使として葛城連好久公が遺わされ「大明神」の神号を奉られました。
又、文武天皇の時、修験の祖役の小角（おづぬ）が伊豆から三峯山に往来して修行したと伝えられています。この頃から当山に修験道が始まったものと思われます。

天平17年（745）には、国司の奏上により月桂僧都が山主に任じらました。更に淳和天皇の時には、勅命により弘法大師が十一面観音の像を刻み、三峯宮の脇に本堂を建て、天下泰平・国家安穏を祈ってお宮の本地堂としました。

こうして徐々に佛教色を増し、神佛習合のお社となり、神前奉仕も僧侶によることが明治維新まで続きました。

三峯山の信仰が広まった鎌倉期には、畠山重忠・新田義興等が、又、徳川期には将軍家・紀州家の崇敬もあり、殊に紀州家の献上品は今も社宝となっています。又、新田開発にカを尽した関東郡代伊奈家の信仰は篤く、家臣の奉納した銅板絵馬は逸品といわれています。
東国武士を中心に篤い信仰をうけて隆盛を極めた当山も、後村上天皇の正平7年（1352）新田義興・義宗等が、足利氏を討つ兵を挙げ、戦い敗れて当山に身を潜めたことから、足利氏の怒りにふれて、社領を奪われ、山主も絶えて、衰えた時代が140年も続きました。

後柏原天皇の文亀二年（1503）にいたり、修験者月観道満は当山の荒廃を嘆き、実に27年という長い年月をかけて全国を行脚し、復興資金を募り社殿・堂宇の再建を果たしました。

後、天文2年（1533）山主は京に上り聖護院の宮に窺候し、当山の様子を奏上のところ、宮家より後奈良天皇に上奏され「大権現」の称号をたまわって、坊門第一の霊山となりました。以来、天台修験の関東総本山となり観音院高雲寺と称しました。

更に、観音院第七世の山主が京都花山院宮家の養子となり、以後当山の山主は、十万石の格式をもって遇れました。

現在、社紋として用いている「菖蒲菱（あやめびし）」は花山院宮家の紋であります。

やがて、享保5年（1720）日光法印という僧によって、今日の繁栄の基礎が出来ました。「お犬様」と呼ばれる御眷属（ごけんぞく）信仰が遠い地方まで広まったのもこの時代であります。

以来隆盛を極め信者も全国に広まり、三峯講を組織し三峯山の名は全国に知られました。その後明治の神佛分離により寺院を廃して、三峯神社と号し現在に至っています。

伊弉諾尊 （いざなぎのみこと）
伊弉册尊 （いざなみのみこと）

<h3>大人気！白の氣守</h3>
三峯神社では、氣守りというお守りが一番人気です。
普段は、赤・緑・青・ピンクの４色なのですが、1日だけは白の氣守りをいただけます。
手に入れるのも大変困難であり、希少価値もあるのですが、それ以上にご利益がすごいといわれ大変な人気ようです。

<h3>拝殿横に浮き上がる「龍」</h3>
拝殿横の石畳に浮かび上がる龍がいます。
この龍は元々はなかったのですが、ある辰年から急に浮かび上がるようになったそうです。
縁起物だとされており、待ち受けにすると良いことが起こるかも…
 
<h3>境内の温泉⁉︎浸かってお肌すべすべに</h3>
三峯神社ツアーのバスがあるほど、人気の三峯神社。
週末には東京始め関東から多くの参拝客が訪れます。
三峯神社の魅力は、全国でも珍しく、境内に温泉があることです。
「神の湯」は5分浸かればお肌がすべすべになるといわれ、
人気があります。（日帰り入浴可・600円）
<h3>絶大なご利益がある裏お札とは？</h3>
三峯神社には、表と裏の2種類のお札があるようです。
表のお札とは、普通に社務所でお受けできるお札のことで、
裏のお札というのは、社務所には置いていないお札のことです。
裏のお札には、
「お借りしたら寄り道せずに家に帰り、必ず一年以内にお返しに行く」
という決まりがあり、かなりのご利益があるとひそかに有名になりつつあります。
<h3>『神主さんの日常』の舞台</h3>
瀬上あきらのエッセイ漫画『神主さんの日常』は、三峯神社の神職「山中さん」や、埼玉県神社庁に実際に取材したものです。三峯ならではの山のお悩みも……。

西武秩父駅から三峯神社行き急行バスで 約1時間30分
秩父鉄道に乗り換え終点の三峰口駅へ、そこから西武バスで三峯神社へ。