昔は「九頭大明神」と称した。創建年代は不詳だが、称徳天皇紀伊行幸の際の行宮を定めたと言われる。 『続日本紀』巻第二六の称徳天皇（高野天皇）の天平神護元年（７６５年）十月二十六日、紀伊国からの帰路に和泉国日根郡の深日行宮に到ったとある。

　神社は七十有余の石籠が並び、その正面に本殿が鎮座。 本殿は合祀した賀茂社のもの、深日（ふけ）は京都賀茂社の社領だったそうで、その関係で賀茂社が祀られていたのであろう。