当寺は安土桃山時代後期、豊臣秀吉のとき文禄年中に創建しましたが、冬の陣のあと取り壊され、1622年に真田家の先祖海野氏の助力により、大阪冬の陣の陣地跡（真田丸）に、真田幸村とその子大助の供養の為に再建されました。心眼寺付近は、名将真田幸村（真田左衛門佐豊臣信繁）が、冬の陣に豊臣側にとって手薄な上町台地の大阪城南東に、真田丸と呼ばれる砦を造り迎え撃った陣地であります。 
また、1867年京都河原町の近江屋で坂本龍馬や中岡慎太郎が殺害された事件に京都見廻り組桂早之助・渡邊吉太郎・高橋安次郎ら数名が襲撃に関わり、さらに注目されるようになりました。見廻組も鳥羽伏見の戦いに参戦し戦死し、心眼寺に埋葬されお墓が現存しています。

あり