寺伝によれば、行基菩薩が創建したと伝えられるが詳しいことは分かっていない。
年代は不明だが、真言宗大覚寺派に属していた時期があった。
中興は、江戸時代末期の木食祐伝上人による。祐伝上人と、そのあとの代の祐範上人が四国に渡り、四国八十八箇所の霊場寺院の山主により開眼された、四国八十八箇所の石仏を背負い、10数余年の歳月をかけて六大院に奉祀した。
小原孝澄が昭和3年に晋山し、住職となり、荒廃していた六大院の復興に努めたが、昭和20年3月の空襲により諸堂など、すべてが灰燼に帰した。昭和29年に本堂の落慶法要を厳修した。また、小原孝澄は、戦中・戦後に荒廃し、中絶していた摂津国八十八箇所霊場を復興するために力を尽くした。昭和55年1月に札所寺院の結集がなり、摂津国八十八箇所霊場が復興するに至った。

六大院

不詳

準別格本山