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天正19年（1591）に豊臣秀吉の城下町建設の一環である寺町建設の中で現在地に創建され、当時の寺号は大福寺といったが、後に太閤秀吉の命により寶樹山銀山寺と改称された。
その後寛永8年（1631）に本堂・大方丈・庫裡・表門・裏門が中興され、元禄14年（1701）には鐘楼・梵鐘・観音堂が建立された。