天正19年（1591）に豊臣秀吉の城下町建設の一環である寺町建設の中で現在地に創建され、当時の寺号は大福寺といったが、後に太閤秀吉の命により寶樹山銀山寺と改称された。
創建にあたり開山上人は島根県浜田沖に上がった木造阿弥陀如来立像をもらい受け本尊となさった。その証拠に右肩と背面に貝殻が付着している。
その後寛永8年（1631）に本堂・大方丈・庫裡・表門・裏門が中興され、元禄14年（1701）には鐘楼・梵鐘・観音堂が建立された。
寺宝として秀吉の肖像画、九州陣立朱印書、御召緒太（おめぶと）【各大阪城にて保管】がある。
現在の本尊は恵心僧都源信作の木造阿弥陀如来坐像。