創建年代は不詳だが、大同年間に「高市御縣神社神封二戸」と記載があり（『新抄格勅符抄』）、それ以前から存在したと推測される。延喜式神名帳には名神大社として登載され、高市、葛木、十市、志貴、山辺、曽布と共に「大和国六御県神社」の一座として朝廷からの崇敬が篤かった。江戸時代は「高県宮」「十三社（所）大明神」などと称していた。

《主》天津彦根命,高皇産霊神