当神社の起源は古く、西紀２、３世紀以前と推定されるが、元は霊山中腹の穴師谷に祀られ、「穴石大明神」として崇められていた。しかし、寛永２１年（１６４４）の大洪水によって社地社殿悉く欠潰し、正保３年（１６４６）現在の地に遷され今日に至っている。明治４２年には、合祀によって一村一社の実を挙げ柘植郷の総鎮守となり、大正１１年７月に「穴石神社」から伊勢神宮縁りの元社号「都美恵神社」に改められた。昭和６３年は、合祀完了の年から数えて８０周年にあたった為、これを記念して、諸社殿の修復、境内の整備、社頭石玉垣の建設等の大事業を実施した。