社伝によれば、多度大社別宮の一目連大神が度会郡山田郷より帰りに船で当社付近に着かれたので船着社と云うと伝えられている。
また別伝には、この付近は尾津浜、尾津崎などの小字にあるように 川岸であったため、付近の人々が氏神として海神を奉斎した とも伝えられる。
船着社は多度大社例祭の御旅所でもあり、５月の多度大社神輿渡御（みこしとぎょ）の際には３基の神輿が奉安さ れる。 

《主》表筒男神、中筒男神、大山津見神、火之迦具土神、
《合》底筒男神、天津日子根命