延享元年（一七四四）、備中国松山（現在の岡山県高梁市）から石川総慶が亀山城に入城した際、城内に小祠を設けて神祭りをした事に始まり、それ以来、亀山城内の旧館跡に鎮座して真澂神社として崇敬してきた。亀山城主石川氏の祖である陸奥守源義家及び六男義時以下数世の神霊を祀っていた。明治四年に至り城北の若山の地に遷座、同九年に再び城内の本丸跡に遷座し、村社の称号を許されたが、同十四年に郷社の列に加わった。明治四十年から四十一年にかけて西町鎮座の郷社亀山皇太神社、阿野田村鎮座の式内社真木尾神社などを合祀し、同四十一年には社殿を現在の地である西丸に新築して奉遷し、社号を亀山神社と改めて現在に至っている。

あり