往古より天日鷲命を主神とし、天児屋根命・品陀和気命を祀る多奈閇神社があった。
明治40年、鼻戸御薗神明社・中上御薗神明社(天照大御神)、八坂神社(須佐之男命)、稲荷神社(宇迦之御魂神)、山神社(大山津見命)を合祀。
明治42年、赤尾村社平田御薗神明社・坂井村社中河御厨神明社・友村社鞆尾神社を合祀、　久米神社　と単称した。
昭和27年、上記三社は合祀以前の村社に復帰。当社は由緒ある延喜式内多奈閇神社の社名を復活した。