棟札によれば、慶長14年（1609）天照大御神を当地に勧請し、南市場神明社が創建された。その後、社名を南神明社と改称。
明治40年、日吉神社、岡山白髭神社、山之神、並びに天正10年（1582）創建と伝えられる追分神明社をそれぞれ南神明社に合祀の上、日永神社と単称。同44年、日永字蔵屋敷の池鯉鮒(ちりゅう)社、字登城山の稲荷社を合祀。
大正5年、神饌幣帛料供進社に指定。なお、延宝元年（1673）の四日市代官川合助右衛門より社人宛に出された文書によれば、社頭は、南神明領が上田一反六畝一一歩、大明神領（岡山白髭神社）が上田四畝一六歩、山王領（日吉神社）が上田三畝一四歩であった。

あり

慶長14年（1609）

春祭　3月10日
夏祭　7月13日
大祭　10月体育の日
秋祭　12月10日