神社の創建や由来は不詳ですが、歴史は古く「源平盛衰記」に旧名「武鶏ノ社」の名が記され、東大路の五条あたりから応仁の乱などで場所を転々とし、豊臣秀吉の大仏殿建立に伴う移転で現在地へと移されました。
江戸時代の初期には幕命により、社殿を修理、神社名を瀧尾神社とされています。
現在の社殿は、江戸時代後期・天保10年（1839）～11年に大丸百貨店の創業者下村彦右衛門が行商の頃より、自宅のあった伏見区京町から毎朝欠かさずお参りをしていて、大丸百貨店の繁栄は瀧尾神社のご利益のおかげと創業家、下村家の2500両（現在価値で約5億円）もの莫大な寄進より、移築・改築、整備されています。
さほど広くない敷地に関わらず、本殿は、平安京以前からの降雨・止雨、水を司る龍神、高龗神（たかおかみのかみ）を祀った絢爛豪華な貴船神社奥院旧殿が移築され、社殿、拝殿に九山新太郎・作の数多くの目入れをされ、生き生きと立体感溢れる造形の彫物で整備され、そして、巨大な龍の彫物は拝殿の天井に据えられています。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　-京都観光情報KYOTOdesignHPより-

境内無料。特別拝観（昇殿参拝）拝観料５００円（期間限定）

本殿・幣殿・拝所・回廊・拝殿はそれぞれ京都指定有形文化財

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