豊臣秀吉の甥であり、秀吉の養子にもなった小早川秀秋は、慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いで西軍を裏切り、東軍の勝利に貢献したことで徳川家康の論功行賞により岡山藩主となる。しかしその２年後の慶長7年、21歳の若さで急世する。
日求上人は秀秋の菩提を弔う為、本圀寺の塔頭・玉陽院を瑞雲院と改創したと伝わる。秀秋の祭祀料として徳川家康から寺領百石を受けている。このことから瑞雲院を百石寺とも呼んでいる。また、豊臣秀吉の姉日秀尼が、安土城内の秀頼旧邸を移し方丈とし、秀秋追善のために建立、100石を施入したとする説もある。