寺伝によれば、当地には平安時代後期、仏師康慶の居宅があり、その後園に浄土宗第二祖聖光房弁長（鎮西上人）の草庵があったといわれている。弁長は、ここから8年間、法然上人の許に通い、浄土宗の法灯を受け継いだと伝えられている。 
当寺は元久元年（1204）、弁長の帰郷に際し、康慶がその別離を悲しみ、弁長自身の真影をこの草庵に奉安し、聖光庵と名付けたことに始まるといわれている。
本堂には、鎌倉時代の作と伝えられる嵯峨式釈迦如来立像を安置し、寺宝としては清海曼荼羅、当麻曼荼羅の二幅を蔵している。また、境内には大石良雄の母と、綿屋善右衛門好時（天野屋利兵衛）の墓がある。