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欽明天皇のころ、笛田村の中園と言う所で笛を嗜みたもう神がありました。
「我はかむやまといわれひこのみこと神倭磐余彦命の第二皇子 、神八井耳命（阿蘇建磐龍命の父）なり、我を斎奉らば鎮護国家(国の安全と平和を守ること)、五穀豊穣、里人の厄難消除、無病息災、家内安全、子孫の繁栄を守護する｣と言って携えていた笛を投げられると、その笛は北田に留まりました。　里人はその笛を御神体として神殿を造営し、笛田大明神としてお奉りしたのが創めと言われております。
　祭式は、旧暦9月19日、御幸所の中園まで御神幸がありました。
　当時は社司神楽人など十人以上が奉仕し、神事が厳かに行われておりました。神社前の馬場(地名が馬場中：現在の県道周囲)では流鏑馬の祭式もあり、御供田、流鏑馬田、鏡餅田、土器田なども持ち、近郷十数ヶ村の産土神として、人々の崇敬を受けていましたが、天正年間に肥後の国守となった佐々成政が神社領を没収しようとして神殿に放火したため、すべて焼失しましたが、その後、加藤清正候が肥後の国守と成り入国後、社殿を再興し、神八井耳命を主神に阿蘇の神々十二神をお祀りし、祭式も厳習に執り行われるようになり今日に至っています。