白旗神社がいつごろできたのかは定かではありませんが、鎌倉時代より以前から、相模国（神奈川県あたり）にある寒川神社の神様・寒川比古命をお祀りして、同じ名前の寒川神社と呼ばれていました。
文治5年（1189）閏4月30日、源義経公は兄源頼朝から怒りをかい、追い詰められ、奥州（岩手県）平泉の衣川館において自害されました。
その首は奥州から新田冠者高平（にったかじゃたかひら）という者によって鎌倉に送られました。
高平が、腰越の宿（鎌倉市）に到着すると、そこで和田義盛・梶原景時によって義経かどうか確認されました。
伝承では、弁慶の首も同時に送られ、夜の間に二つの首は、白旗川を上り、この地に辿り着いたといわれています。
このことを頼朝に伝えると、白旗が源氏の旗であったことから、白旗明神としてこの神社に祀るようにと指示しました。
こうして義経公を神様として祀ることとなり、のちに白旗神社と呼ばれるようになりました。
弁慶の首は、白旗神社のそばに八王子社として祀られることになりました。
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