当社の創建は、元亀年間（1570~1573）と伝えられています。創健者は織田信長に敗れた美濃国の斎藤龍興（道三の孫）の遺臣四名で、この地を開拓し祭神を四ツ谷の氏神として祀ったと伝えられています。
宝暦十三年に火災にあい、七十八年後の天保十二年（1841）に再建、棟札に「山王大権現」と記され手水石や諏訪社の祠の奉納年号から見ると、社域もこのころから整えられてきたようです。
明治二年（1869）「山王大権現」から「日枝神社」に改称、祭神も「大山咋命」に変わり同六年には村社に列され、同十八年八月に再遷宮の記録があります。
昭和九年（1934）五月、社殿再建と共に神楽殿も完成し外郭も整ったころで、当時の東京府麹町の日枝神社より新たに分霊し、社号も同年十月に「日枝大神」に改め現在にいたっています。
境内には、天満宮・稲荷社・諏訪社・秋葉社・三峰社が祀られています。

JR相模線　「入谷駅」下車　徒歩10分ほど

【神奈中バス】
小田急線相武台前駅発　台04座間四ツ谷行き　「座間四ツ谷」バス停下車　徒歩1分ほど