「風土記稿」によると、功雲寺（津久井町）の末寺で、山号を萬年山といい、薬師如来を本尊としています。
また、同書では鎌倉公方足利氏満が曇芳（どんぽう）を請じ、臨済宗建長寺宝珠庵の末寺として開いたことを伝えています。この曇芳は鎌倉の永安寺（廃寺）の開山でもあり、同じく鎌倉の円覚寺、建長寺を経て当寺の開山となっています。
永享2年（1430）、当寺は再建されその後、後北条氏の頃に当地の守護人松本式部少輔によって中興され、さらに平岡岡右衛門吉道と喚室宗応によって再度、中興されたと伝えられています。現在のように曹洞宗になったのは、この再中興の時のようです。また慶安2年（1649）には10石の朱印地が与えられています。なお、ここでも江戸時代には寺小屋が開かれています。
当寺には前述した足利氏満による応永3年（1396）の寄進状が残されています。これはすでに「風土記稿」にも紹介されていますが、現在する市内最古の文書でもあり、昭和50年に市指定重要文化財となっています。

長松寺文書（市指定有形文化財 ）