当社は延喜式神名帳に云う明石郡九座の一つ伊和都比売神社にて人皇十代崇神天皇御宇六年九月十日勧請せられた式内社であり人皇四十九光仁天皇御宇宝亀2年境内地四町四方放免地となり降りて別所氏三木城主たる時崇敬厚く社領五十石を寄進祭典営繕に当たった云われ其後天正年間減地となるも東域に小祠を建て御旅所と名付く（元の祇園さん）西域にも小祠を建て（賀神社）旧境内東西の境界の遺跡とする。この頃の境内地域は東西に連なる松林にて「さなぎの森」と呼ばれた。
嘉吉年間赤松氏の和阪ノ戦天文年中町野入道の放火天文年間羽柴氏三木城攻め等しばしば兵火に罹り社殿、旧記をことごとく焼失すると伝う、明治十二年七月二日県社に列せられる。
昭和二十年六月太平洋戦争の戦災にて社殿社務所一切の建物を焼失、昭和三十七年社殿再建、平成七年一月十七日の大震災で一部被害を受け、三宝荒神社の新改築本社殿の改修工事が行われた。

崇神天皇時代６年