当てらの歴史は遠く、約千年前、行基菩薩に依って開創されし名刹である。
この久遠寺は日本の海路交易発祥の地、兵庫、津の中心地、現在の神戸港発祥の中心に位置し、往時、中国、四国、九州各地より海路、近畿方面への物資交易の終着地として三川口は重要な地点であった。その三川口の中心点に位置した久遠寺は古くから七堂伽藍を有し、浜の寺本坊として輪郭の美を誇った兵庫を代表する大寺院であった。開創当時は真言律宗であったが、約七百年前、後醍醐天皇の第六の宮で妙顕寺に住した、大覚妙實大僧正来寺して妙顕末となる。更に日隆屋右衛門に宿泊、当時久遠寺住職・定林房日祐上人を破折、帰依せしめ、茲に日隆大聖人を開基として本門法華宗に改宗、以来現在に至る。以上の経過に依り久遠寺は、開創千百年法華宗に帰属して、六百年を経過して現在至る。