このてらは、有馬温泉の歴史と共に盛衰を同じくしており、奈良時代の僧行基が開基、鎌倉時代仁西上人再興、桃山時代北政所が復興、そして元禄時代に黄檗派になっています。明治維新の神仏分離以降衰微し、清涼院以外の寺院は廃絶しました。