開基は不明で、鎌倉時代の建仁年間（1201～1203年）に僧了海［りょうかい］により再興されたと伝えられています。

明治元年(1868)の神仏分離令までは、筥崎宮［はこざきぐう］や宇佐八幡宮など多くの社寺の修理造営を掌っており、また大願寺の僧は、全国を托鉢［たくはつ］できる許可を持っていて、その費用に当てていました。

また境内の池の中には、弁財天の使いとされる厳島龍神がお祀りしてあります。

薬師如来
大黒天（秘仏）

広島新四国八十八ヶ所霊場第１番札所
中国四十九薬師霊場第２２番札所

木造薬師如来像（重要文化財）
木造釈迦如来坐像（重要文化財）
阿難尊者像（重要文化財）
迦葉尊者像（重要文化財）
紙本墨書尊海渡海日記（八曲屏風裏書、表に紙本墨画山水図（瀟湘八景図）あり）