開基は不明で、鎌倉時代の建仁年間（1201～1203年）に僧了海［りょうかい］により再興されたと伝えられています。

明治元年(1868)の神仏分離令までは、筥崎宮［はこざきぐう］や宇佐八幡宮など多くの社寺の修理造営を掌っており、また大願寺の僧は、全国を托鉢［たくはつ］できる許可を持っていて、その費用に当てていました。

また境内の池の中には、弁財天の使いとされる厳島龍神がお祀りしてあります。