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縁起書によると鎌倉時代・弘安四年（１２８１）日蓮聖人が通りかかった佐貫町（青柳付近）の人々が教えを請い仮堂を作る。聖人は五十余日滞在し教えを広めた。これが法髙寺のはじまりという。
その後、僧日弌（にちいち）が中興開山。
文禄三年（１５９４）、榊原康政の築城により、城下町北端の台宿原と呼ばれた現在地に移る。毎年の陰暦10月12日夜の法会を「御命講（おめいこう）」といい、これが「おめこ」の語源。
２０１６年山門が新しくなった。