由緒など不詳であるが、永禄二年(1559)社殿、宝物殿を大友氏の為に焼かれ、その後は形ばかりの社殿を造営したが、明治十年社殿を再興した。
古書によれば『尾崎区の東南二丁余りの野にありこの区の産土神なり』とある。　従来熊野権現神社と称していたが、明治初年の神仏分離令により牟田神社と改称し、大正十一年貴船神社外合祀し現在に至る。　尚現在の社殿は昭和廿八年の改築によるものである。