栃木県芳賀郡益子町に所在する大沢山円通寺の末山で、寺伝ではもと天台宗の寺院であったが、弘治三年1557常蓮社等誉によって浄土宗に改宗されたと伝わる。
室町時代後半、本覚寺は寺運の衰退いちじるしい状況にあったが、天文・弘治年間1532-1557、真昼岳山麓の元本堂村藤花に四国の藤光坊こと常蓮社等誉が住んで草庵を営んだのが嚆矢といわれる。本堂城の城主本堂吉高が夢告によって等誉に深く帰依したことで本覚寺が再興された。