かつては天台宗密蔵院の末寺であったが現在は比叡山延暦寺末である。
本尊は薬師如来である。
朱雀天皇（六十二代）の承平3年（933）比叡山の僧知蔵が諸国行脚の途中、この地を訪れ、仏法興隆のために創建したと伝えられる。
往古は一山十二坊（東林坊、才智坊、西林坊、実相坊、法蔵坊、多聞坊、常泉坊、宝乗坊、東泉坊、心蓮坊、宝持坊、越俊坊）の大伽藍があり、盛大を極めたといわれ、明応年間に清洲の城主斯波武衛の祈願所であったが永禄年間（1558～1570）に兵火にかかって一山ことごとく焼失し、寺宝も二、三を残すのみであった。そのうち、実相坊の一宇が残って今の高蔵寺となった。その後、永正7年玄慶坊印がこの寺を中興したといわれる。
本尊薬師如来の縁起は約1,500m東方の風光明媚な玉野川の深渕からお薬師が白鹿に乗って出現されたという霊像で、龍神が燈明を捧げたと伝えている。その場所を鹿乗渕と呼び寺の山号を燈明山という。そこで仏師の名工春日一刀が三礼をもってこの尊形を彫刻し、安置したものが本尊で、昔から17年目毎に開扉している。
寺の名前は、この地区が熱田神宮の高倉明神を祀った高倉地と呼ばれていたので、初め神宮寺と称し、さらに高倉寺となり、ついで高蔵寺に変わったと伝えられる。
（『春日井の寺院』より）