応永17年（1410）現在のあま市甚目寺に真言宗の浄徳坊として建立。
永正8年（1511）冨田町供米田（現、中川区）に移る。
天正11年（1583）浄土真宗に改宗して浄蓮坊と号す。
慶長10年（1605）現在の名古屋城北付近に移る。
慶長14年（1609）名古屋城築城のために北鷹匠町に移る。
元和3年（1617）藩主から深井丸という山号を賜り、三ツ葵の紋が許される。以降は上宿御坊と言われる。
正保2年（1645）尾張藩祖徳川義直によって現在地に移される。
元禄12年（1699）藩主綱誠の薨去以来、徳川家代々の位牌を安置。尾張徳川家と深いつながりを持っていた。
明治24年の濃尾地震、昭和20年の戦災で大破。
平成16年　全焼
平成20年　再建