当院はもと妙日山妙蓮寺の塔頭であった。
妙蓮寺は戦前まで中区の旧南小川町にあり、１６６１年（寛文元年）に創立された。
開山の観照院日淳上人は、はじめ本源院・真如院の両院を建立し、
１６７２年（寛文１２年）に妙蓮寺が完成したという。
真如院は１７２０年（享保５年）に本源院と共に焼失したが、すぐ再建された。
１９４５年（昭和２０年）の名古屋空襲で真如院は妙蓮寺ともども全焼してしまった。
戦後は市内瑞穂区陽明町の善進寺に移された。