本神社は、元、現在地の背後の宮ノ谷にあり、貞観元（859）年に現在地に遷座した。
その時姥目樫の苗木数百本を植へたという。
宮の谷には、今も宮の段とよばれる社跡があり、姥目樫の内現在に残れる2株は、県の文化財、天然記念物に指定されている。
御崎神社は、郡内で國の正史に記載された唯一の社であり、平安時代の初期の『三代実録』に「貞観十七（875）年己未援紀伊國正六位上三前従五位下」とある社で、その後平安後期の『紀伊國神名帳』では「正三位御崎神」となっている。
当時、熊野三山の一つである速玉神社が従五位上であった事でもその神階の高さがわかろう。
『紀伊続風土記』に「中世には社殿壮麗で神田二町二反」と記されている事とあわせ、当社の由緒の深さが伺われる。
天保7年には「正一位をきはめさせ給ひ」とある所からみると、幾毎も昇階されたようである。
そのため明治初年の社格決定にもあらわれ、日高郡では唯一の郷社に列せられた。
（明治に合祀した神社）
雷神社、和田雷谷に鎮座「イカヅチサン」といわれた。
八王子神社、御崎神社の東北100ｍに鎮座「ハットリサン」と呼ばれた。
入山若一王子社、入山王子跡に鎮座していた。
若一王子社、日高町小池大谷に鎮座していた。
里神社、氏社氏神として村内のすべての社を合祀した。
大海神社村内の蛭子社を合祀。

10月第4日曜日(例祭)
11月3日(和田祭)
7月15日(夏祭)
12月15日(火焚き祭)