旧称は榎原大権現といい、飫肥3代藩主伊東祐久が鵜戸神宮のご分霊を勧請、地福寺境内を社地として創建した。鵜戸神宮とともに飫肥の御両社として、篤く崇敬された。社領ははじめ100石であったが、文化5年（1808）、11代藩主伊東祐民が150石に加増した。鵜戸参りと並んで榎原参りが近郷の信を集めていた。明治元年、榎原神社と改称、同6年郷社に列せられ、昭和5年8月1日県社に昇格された。
これまでの当社創建についての研究によると、万治元年（1658）の勧請説で固まっているが、『県史蹟調査第6輯』では、当社縁起によると「明暦2丙申年（1656）11月27日大和守祐久公供伊東勘解由参詣於榎原別当真誉（鵜戸山別当）同参也」とあり、創建年月日は不詳にしても再興説が有力としており、『日向地誌』も再興説をとっている。